Horacio Pagani ohromil svět, když na autosalonu v Ženevě v roce 1999 představil vlastní supersport Pagani Zonda C12. Argentinský inženýr pracoval v utajení a navrhl, zkonstruoval a vyvinul vysoce výkonný sportovní vůz. Horacio Pagani se při vývoji rozhodl, že světu ukáže až kompletně dokončený vůz, čímž si získal důvěru dodavatelů a především zákazníků.

Vývoj Zondy zabral necelých deset let a byl vyvrcholením Paganiho rozsáhlé práce s kompozity z uhlíkových vláken. Horacio Pagani v 80. letech pracoval v Lamborghini jako konstruktér a experimentoval s částečně karbonovým prototypem Lamborghini Countach, ale celý projekt byl zastaven, protože továrna neměla finance na jeho dokončení. Pagani dále vyvíjel karbon, koupil jednu z prvních autokláv v Itálii a pokračoval ve zdokonalování svých dovedností.

S ohledem na Paganiho životní příběh nebylo překvapením, že základ Zondy tvořil mokokok z uhlíkových vláken. Horacio Pagani byl jedním z pionýrů při vývoji karbonu v automobilovém průmyslu a zvládl si vyrobit všechny potřebné součásti. V roce 1999 byly kompozitní materiály relativně běžné, ale Pagani povýšil jejich výrobu na novou úroveň. Vazba uhlíkových vláken tvořená tvarem V se stala ikonickou a udělala z karbonových Zond ohromující umění.

Na obou koncích monokoku z uhlíkových vláken byly namontovány hliníkové pomocné rámy zavěšení, motoru a převodovky. Kola byla zavěšena na dvojitých lichoběžníkových ramenech, tlumení a odpružení s vinutými pružinami bylo tvořeno konstrukcemi pull-rod vpředu a push-rod vzadu. Brzdnou sílu zajišťovaly masivní perforované brzdové kotouče.

Horacio Pagani věřil, že nejlepším dodavatelem motoru pro Zondu bude Mercedes-Benz a nechal se představit manažerům automobilky svým krajanem a přítelem Juanem Manuelem Fangiem, bývalým jezdcem továrního týmu Mercedesu. Šestilitrový dvanáctiválec Mercedes-Benz M120 od AMG vyvinul nejvyšší výkon až 450 koní a točivý moment 590 newtonmetrů. Zonda C12 s ním akcelerovala na stovku za 4,2 sekundy a zvládala maximální rychlost 298 kilometrů v hodině.

Pagani se pro Zondu inspiroval vzrušujícími křivkami ženského těla a dominantními závodními vozy Sauber-Mercedes skupiny C. Ženské tvary Zondy lze vidět pouze, když se na ni díváte shora. Z tohoto pohledu je rovněž perfektně vidět kulatý tvar kabiny. K dalším zajímavým prvkům designu patřily malé kruhové světlomety a čtveřice centrálně umístěných výfukových koncovek. Luxusní interiér s důrazem na prvotřídní zpracování je dalším uměleckým dílem Zondy.

Generální ředitel Mercedesu byl prvním člověkem, který na ženevském autosalonu seděl v nádherné Zondě. To zviditelnilo silný vztah obou společností a o to více byl Horacio Pagani uznáván jako seriózní výrobce. Brzy po skončení autosalonu byla zahájena sériová výroba v Paganiho malé továrně na předměstí italské Modeny. V prvním roce bylo vyrobeno pět automobil podle původní specifikace a rok po jejím debutu byla představena vylepšená verze.

Evoluce nazvaná Pagani Zonda C12 S s výrazně větším sedmilitrovým dvanáctiválcem dosahovala 550 koní a 750 newtonmetrů, se kterými se rozjela na 335 km/h a sprint na stovku zabral o půl vteřiny méně času. Upravený design byl rozpoznatelný podle podlouhlého nosu inspirovaného Formulí 1 a dvou samostatných křídel místo jednoho velkého. Jednalo se o první z několika významných modernizací v průběhu let, ale po celou dobu byly zachovány ikonické tvary. V roce 2002 se představila ještě výkonnější Zonda S a otevřená Zonda Roadster se 7,3 litrovým dvanáctiválcem o 555 koních.

Původně Horacio Pagani uvažoval, že svůj supersport pojmenuje Fangio F1, aby vzdal hold svému příteli, ale po jeho smrti v roce 1995 se rozhodl pro jméno Zonda, které se inspirovalo prach nesoucím větrem na východním svahu And v Argentině. I přesto Zonda vzdala hold legendárnímu argentinskému závodníkovi.

V roce 2005 se v Ženevě představila Zonda F (Zonda Fangio), která byla dosud nejrozsáhlejší evolucí Zondy. Dvanáctiválec o zdvihovém objemu 7,3 litru byl upraven přepracováním sacího a výfukového potrubí a novým naladěním řídicí jednotky motoru. Maximální výkon vzrostl na 602 koní a točivý moment byl 760 newtonmetrů. Zonda F byla limitována na 25 exemplářů a odlišovala se modernizovaným zevnějškem s lepší aerodynamikou. V roce 2006 se představila otevřená Zonda Roadster F, která byla o pouhých 5 kilogramů těžší než kupé, ale dosahovala až 650 koní a 780 newtonmetrů.

Pagani znovu ohromilo svět, když v roce 2009 představilo Zondu R, okruhový speciál inspirovaný konkurující italským hračkám pro milionáře jako Ferrari FXX a Maserati MC12 Corsa. I když Zonda R sdílela tvar se silničními modely, ve skutečnosti se s nimi shodovala pouze z přibližně 10% a byla poháněna šestilitrovým V12 ze závodní verze Mercedesu-Benz CLK GTR. Pagani Zonda R patří k bývalým rekordmanům na Nürburgringu. V roce 2010 stanovila rekord pro vozy vycházející z produkčních modelů, když s časem 6 minut a 47 sekund porazila konkurenční Ferrari 599XX. V následujících letech se Zonda R představila i ve vylepšených verzích Zonda R Evolution a Zonda Revolución.

Silniční verzí Zondy R se v roce 2009 stala Zonda Cinque, která vznikla v pěti exemplářích na žádost prodejce Pagani v Hong Kongu. Na rozdíl od předchozích Zond s manuálními převodovkami byla vybavena novou šestistupňovou sekvenční převodovkou, schopnou přeřadit za méně než 100 milisekund. Zonda Cinque byla vyrobena z nového karbonu „Carbo-Titanium“, který se vyznačoval zvýšenou odolností a tuhostí. Síla motoru vzrostla na 678 koní a 780 newtonmetrů a později bylo vyrobeno i pět otevřených Roadsterů.

Pagani nahradilo Zondu výrazně odlišnou a modernější Huayrou už v roce 2011, ale výroba různých speciálních edic pokračovala. Tricolore, Uno, HH, Absolute Evo – to je jen několik nejznámějších zakázkových vozů ze všech. Konec životního cyklu Zondy se představil v roce 2017 jako Zonda HP Barchetta, která byla dárkem k šedesátým narozeninám zakladatele továrny. S výkonem 800 koní a točivým momentem 850 Nm je poslední verze tou nejsilnější Zondou všech dob. Vznikla ve třech exemplářích. Jeden si ponechal Horacio Pagani a každý ze zbylých vozů se prodal za 15 milionů amerických dolarů.

Pagani v současnosti stále pokračuje ve výrobě Zondy, avšak pouze upravuje již existující exempláře na poslední dostupnou specifikaci Zonda 760. Supersport o 760 koních a 780 newtonmetrech vznikl v již 18 exemplářích. Každý z nich je unikátní, protože vznikají podle přání zákazníků, ke kterým patří například pilot Formule 1 Lewis Hamilton. Majitelům starých opotřebených Zond pak automobilka nabízí renovaci do původního stavu.