První fyzická podoba chystaného roadsteru se ukázala světu v roce 1995 na Tokyo Motor Show a nesla jméno Honda Sport Study Model. Nový koncept se inspiroval povedenými sportovními modely S500, S600 a S800 ze šedesátých let. V útrobách studie byl uložen dvoulitrový čtyřválec, který posílal výkon na kola zadní nápravy. Podvozek tvořily nosníky ve tvaru X zajišťující vysokou pevnost a panely karoserie byly vyrobeny z hliníku, díky němuž konstruktéři dosáhli rozložení hmotnosti 50:50.

Prototyp cestoval z jedné výstavy na druhou a Honda mezitím pracovala na vývoji produkční varianty. Ta se s označením AP1 představila roku 1999 a nabídla mnoho lákadel. Sportovní roadster poháněl benzínový čtyřválcový dvoulitr F20C, s variabilním časováním ventilů DOHC VTEC, jehož nejvyšší výkon dosahoval 240-250 koní a točivého momentu 208-218 Nm v závislosti na cílovém trhu. Nejvýkonnější varianta byla k dispozici pouze na domácím japonském trhu. S litrovým výkonem 125 koní na 1 litr objemu se motor stal nejsilnější atmosférou všech dob a byl překonán až v roce 2009 italským Ferrari 458 Italia. Po vzoru prototypu byla hnací síla přenášena na zadní kola skrz šestistupňový manuál a samosvorný diferenciál Torsen.

Podvozek tvořily rovnoběžníkové nápravy, řízení bylo vybaveno elektrickým posilovačem a samozřejmostí byly integrované bezpečnostní oblouky za hlavami posádky. K nápravám byla připevněna šestnáctipalcová kola, která obouvala pneumatiky Bridgestone Potenza S-02. Lehký kompaktní motor uložený za přední nápravou pomohl ke slibovanému rozložení hmotnosti mezi přední a zadní nápravu v poměru 50:50 a zároveň došlo ke snížení rotační setrvačnosti. Elektricky ovládaná vinylová stahovací střecha byla od roku 2001 doplněna příplatkovým hliníkovým hardtopem. Honda nabízela S2000 v odstínech Berlina Black, New Formula Red, Gran Prix White, Sebring Silver a Silverstone Metallic.

Na japonském trhu se v polovině roku 2000 objevila vypilovaná edice Type V, mezi jejíž největší přednosti patřilo řízení s variabilním převodem. Systém jej plynule měnil v závislosti na rychlosti vozidla a úhlu natočení kol, čímž bylo zlepšeno ovládání vozu. K prvnímu testu nového řízení došlo 7. července 2000 a jednalo se o vůbec první technické řešení tohoto druhu. V klidové poloze bylo k otočení kol z jednoho dorazu do druhého potřeba jen 1,4 otáčky, standardní S2000 vyžadovala 2,4. Inženýři přepracovali nastavení podvozku a samosvorného diferenciálu, aby dále vylepšili funkci nového řízení. Takto vybavené vozy dostaly odlišený volant a emblémy VGS a Type V na zádi.

Pro rok 2001 zůstala S2000 téměř beze změn a nabídku rozšířily digitální hodiny, deflektor větru za zadními sedadly a nový lak Spa Yellow. Následující rok došlo k částečnému přenastavení řídicí jednotky motoru, úpravě podvozku a plastové okno stahovací střechy bylo nahrazeno vyhřívaným sklem. První generace Hondy S2000 se vyráběla do roku 2003 v japonské továrně Takanezawa po boku supersportu NSX a hybridního modelu Insight.

S modelovým rokem 2004 se na světových trzích objevila druhá generace AP2, která byla v Evropě prezentována jako pouhý facelift AP1s. S příchodem modernizovaného auta se výroba přesunula do Suzuky a S2000 doznala důležitých změn. Nově stála na sedmnáctipalcových kolech s pneumatikami Bridgestone Potenza RE050 a zásah se dotkl i samotného podvozku. Upravená charakteristika pružin a tuhost tlumičů spolu s přenastavenou geometrií omezovaly sbíhavost předních kol a přetáčivost celého vozu. Karoserie se dočkala zpevnění a nového bodykitu.

Mezitím, co v japonských, australských a evropských S2000 AP1s zůstal vysokootáčkový dvoulitr, americká auta dostala motor F22C1 o zdvihovém objemu 2  157 ccm. Hodnota omezovače otáček většího motoru se snížila z 9 000 na 8 200/min, za čímž stojí delší zdvih pístů. Točivý moment povyskočil o 6% na 220 Nm a nejvyšší výkon zůstal stále 237 koní. Změn doznala i převodovka, jejíchž prvních pět převodů bylo zkráceno, šestka byla naopak prodloužena. V roce 2006 se motor F22C1 dostal i na japonský trh a nabídl 239 koní a 221 Nm. S novým modelovým rokem byla na motor namontována elektronicky ovládaná škrticí klapka a chyby řidiče začal hlídat elektronický stabilizační systém.

Druhá generace Hondy S2000 přinesla i několik speciálních edic. V USA byla k dispozici verze Club Racer, jejíž nový bodykit s rozměrným křídlem omezoval vztlak o 70-80% a byla odstraněna stahovací střecha, jenž byla nahrazena hardtopem. Odstraněním komfortních zbytečností došlo ke snížení hmotnosti, o 41 kg, a těžiště. Celkem bylo vyrobeno pouhých 699 kusů namísto očekávaných 2 000.

Po vzoru CR se v Japonsku objevila varianta Type S, která byla více kompromisní, ale zajišťovala snazší ovladatelnost. Na rozdíl od Club Raceru bylo japonské auto stále vybaveno stahovací střechou a bylo určeno ke každodennímu používání. Honda vyrobila celkem 1 755 kopií.

Na starém kontinentu se kromě méně významné edice GT objevily důležité varianty GT Edition 100 pro Velkou Británii a Ultimate Edition pro zbytek Evropy, které „oslavovaly“ ukončení výroby Hondy S2000. Obě varianty byly nalakovány do bílé barvy Grand Prix White a do jejich výbavy patřila grafitová kola, červený interiér a hardtop. GT Edition 100 měla přísně omezenou výrobu a vzniklo jen 100 exemplářů.

Honda S2000 je autem, které se svého nástupce dočká jen těžko. Vzniklo v době, kdy bylo v módě vyrábět vysokootáčkové atmosférické motory, což dnes nefrčí. Dodnes patří k nejlepším ukázkám mistrného inženýrství staré dobré Hondy.